Tartu Ülikooli muuseum annab regulaarselt koos näituste, teadusprojektide või ülikooli tähtpäevadega välja kogumikke ülikoolist ja teadusloost. Igal aastal ilmub muuseumi ajakiri Tartu Ülikooli ajaloo küsimusi.
Kord aastas ilmuv väljaanne pühendub Eestis ainsana teaduse ja kõrghariduse ajaloole. Lisaks avaldatakse Tartu Ülikooli muuseumi kogudega seotud uurimusi. Teemanumbrid kujunevad traditsiooniliselt Tartu Ülikooli muuseumi aastakonverentsil peetud ettekannete põhjal, kuid vastu võetakse ka teisi nõuetele vastavaid artikleid. Kaastööd võivad olla nii Eestist kui ka väljastpoolt. Esimene keel on eesti keel, kuid avaldatakse ka saksa-, inglis- või venekeelseid artikleid.
Tartu Ülikooli ajaloo küsimusi ilmub nii paber- kui ka elektroonilise väljaandena, mis on kättesaadav avatud juurdepääsu põhimõttel Open Journals Systemi platvormil.
Tartu Ülikooli muuseumi väljaanded on müügil muuseumipoes Tartu toomkirikus. Väike valik on saadaval ka ülikooli e-poes.